高新技术企业认定管理机构
 各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构（“认定机构”），根据本办法开展下列工作：
（一）负责本行政区域内的高新技术企业认定工作；
（二）接受企业提出的高新技术企业资格复审；
（三）负责对已认定企业进行监督检查，受理、核实并处理有关举报；
（四）选择参与高新技术企业认定工作的专家并报领导小组办公室备案。
高新技术企业认定管理工作领导小组下设办公室
 领导小组下设办公室。办公室设在科技部，其主要职责为：
（一）提交高新技术企业认定管理工作报告；
（二）组织实施对高新技术企业认定管理工作的检查；
（三）负责高新技术企业认定工作的专家资格的备案管理；
（四）建立并管理“高新技术企业认定管理工作网”；
（五）领导小组交办的其他工作。
高新技术企业认定管理工作领导小组
 科技部、财政部、税务总局组成全国高新技术企业认定管理工作领导小组（“领导小组”），其主要职责为：

（一）确定全国高新技术企业认定管理工作方向，审议高新技术企业认定管理工作报告；

（二）协调、解决认定及相关政策落实中的重大问题；

（三）裁决高新技术企业认定事项中的重大争议，监督、检查各地区认定工作；

（四）对高新技术企业认定工作出现重大问题的地区，提出整改意见。